St. Martin in Ebenhausen wurde bereits vor über 800 Jahren erstmals erwähnt. Man weiß jedoch nicht, ob die damalige romanische Kirche an der gleichen Stelle stand wie heute. Bis heute erhalten ist der romanische Taufstein, der unter der Empore steht.


Um 1500 wurde dann ein größerer Kirchenbau im gotischen Stil errichtet. Dieser ist bereits in Vorhalle, Kirchenschiff und Chor unterteilt. 
Der heutige Kirchturm wurde erst im späten 18. Jahrhundert im Stil des Barock hinzugefügt.

Bis in die Mitte des 19. Jahrhundert zierte ein prächtiger Flügelaltar die Kirche. Leider fehlten die Geldmittel für dessen Renovierung, deswegen wurde er vom St.-Ulrich-Verein von Augsburg erworben und ziert heute eine Nische im Augsburger Dom.

Nachdem die Gemeinde stetig anwuchs, war die Kirche nicht mehr groß genug und wurde schließlich in den Jahren 1963-64 umgebaut. Dabei wurde das Kirchenschiff verlängert und verbreitert, auch der Kirchturm wurde renoviert und war vollständig eingerüstet. Sankt Martin erhielt damit seine heutige Form.